Dne 15. dubna 1204 potvrdil papež Innocenc IV. Řádu německých rytířů majetek v Opavě, získaný od Přemysla Otakara I. a jeho bratra markraběte Vladislava Jindřicha. 11. dubna 1207 potvrdil další majetky v okolí Prahy a Mělníka. V Praze bylo původní centrum vznikající české řádové bailie při kostele sv. Petra na nynějším Novém Městě, ve třicátých letech 13. století bylo přeneseno ke kostelu sv. Benedikta na Starém Městě.
Velkým podporovatelem řádu byl král Václav I., jenž rozmnožil jeho statky dary na Litoměřicku, Humpolecku, v okolí Rakovníka a na Moravě v okolí Znojma. Od tepelského kláštera řád získal roku 1233 Býčkovice. Česká bailie v čele se zemským komturem byla v letech 1232–1233 podřízena pruskému zemskému mistrovi a zajišťovala spojení mezi řádovým centrem v Palestině a nově získanými majetky v Prusku, kde si řád budoval druhé centrum své moci.
Od čtyřicátých let 13. století začíná Řád německých rytířů podporovat v našich zemích i šlechta a měšťané. Král Václav I., potvrdil 19. října 1241 dar paní 
Domaslavy z Miletína - rozsáhlé statky v okolí Miletína, Hostinného a Sadové. 7. června 1242 potvrdil velmi rozsáhlou nadaci Jana z Polné, která dala podnět ke vzniku rozlehlé a výstavné komendy v Drobovicích u Čáslavi, jež se v druhé polovině 13. a první polovině 14. století stala neoficiálním centrem české bailie místo Prahy. 2. září 1251 jsou uváděny řádový dům a špitál v Hradci Králové. V letech 1252–1261 získal řád z odkazu Fridricha z Chomutova Chomutov, kde zbudoval novou významnou komendu. 1. prosince 1255 potvrdil Vítek z Hradce řádu patronát fary v Jindřichově Hradci s dalším majetkem a právy. Později byl tento dar rozšířen o kapli sv. Diviše a vznikl zde špitál pro 12 nemocných.
Odlišným vývojem prošla řádová komenda V Chebu u tamního farního chrámu sv. Mikuláše a sv. Alžběty, která nepatřila k české řádové bailii, nýbrž k durynské. Spolu se špitálem je připomínána roku 1256. Roku 1258 udělil Konradin Štaufský řádu patronátní právo farního kostela. Severně od tohoto kostela byl zbudován dvůr. Komenda připadla českému státu po získání Chebska Janem Lucemburským roku 1322, ale nadále příslušela k durinské bailii. Kolem roku 1564 představení této bailie a chebští řádoví rytíři přestoupili na luteránství, město koupilo sekularizovanou komendu roku 1608. Od roku 1628 náležela jesuitům, kteří zde po roce 1650 zřídili svou kolej. Po zrušení jesuitského řádu 1773 vznikla na jejím místě kasárna, zničená za druhé světové války.
K velkým podporovatelům Řádu německých rytiřů náležel král Přemysl Otakar II., jenž na výpravě proti pohanským Prusům roku 1255 založil město Královec (nynější Kaliningrad). V letech 1267–1268 se spolu s olomouckým biskupem Brunem ze Schaumburgu zabýval plány zřídit v Olomouci arcibiskupství pro christianizaci pohanských kmenů v Pobaltí. Protože byl do roku 1276 pánem i v rakouských zemích, získala česká bailie za jeho vlády statky v Dolním Rakousku. Na provinční kapitule v Hostěradicích 29. prosince 1271 řádový velmistr Anno ze Sangershausenu oddělil od české bailie ves Dürnkrut a připojil ji k řádové bailii rakouské. Takřka symbolicky šlo o místo, kde Přemysl Otakar II. nalezl v roce 1278 svou smrt.
Komenda v Opavě patřila rovněž k významným střediskům Řádu německých rytířů v českých zemích. Její majetek se rozrůstal o dary panovníků, opavského knížete Mikuláše I. (roku 1281 daroval řádu patronátní právo farního kostela v Krnově), příslušníků šlechty a měšťanů. Roku 1257 musel papež Alexander IV. řešit spor řádu s hradišťským klášterem o farní chrám v Neplachovicích, který byl z podnětu hradišťského kláštera dokonce vypleněn. Zvláštností opavské komendy byla absence příslušníků rytířské složky řádu - komtury bývali vesměs opavští faráři - a naproti tomu existence filiálních komturů v Holasovičkách, Neplachovicích. Opavský farní chrám byl během 14. století přestavěn na jednu z nejvýznamnějších památek cihlové gotiky v českých zemích.
Zlatá bula císaře Svaté říše římské Fridricha II. z roku 1226