Řádové statky na přelomu 17. a 18. století na rozdíl od mnoha jiných panství prosperovaly. Po roce 1690 byly pro vyčerpání zásob dřeva přeloženy železárny z Malé Moravky na místo pozdější osady Ludvíkov, pojmenované tak po tehdejším velmistrovi Ludvíku Antonínovi z Falc - Neuburgu, od roku 1703 měly pobočku v Hinnewiederu (nynější část Karlovy Studánky u hotelu Hubertus). Roku 1696 koupil řád od hraběte Františka Josefa z Hodic panství Bouzov a Červená Lhota, roku 1703 získal slezskou komendu Namyslow a roku 1707 koupil od hraběte Jana Václava Gallase statek Dolní Dlouhá Loučka. Při intabulaci svých moravských statků do zemských desek moravských roku 1712 souhlasil řád s podmínkou, že bude za své členy přijímat příslušníky české a moravské šlechty. Toto i další dokumenty vyvracejí pozdější výtku, že řád aktivně podporoval germanizaci.
Od dvacátých let 18. století zachvacovala bohužel i statky Řádu německých rytířů hospodářská krize, projevující se v celém habsburském soustátí. Bruntálský zámek nebyl udržován, zchátral a ve třicátých letech 18. století hrozilo rozpadnutí jeho zdiva. Měl být zbořen a znovu postaven podle návrhů architekta L. Š. Kaltnera, ale tehdejší velmistr Klement August Bavorský, upřednostňující svou rezidenci v Bonnu, neměl pro vzdálený Bruntál pochopení a plány přestavby zamítl. Navíc do vývoje událostí zasáhly války s Pruskem od roku 1740. Klement August Bavorský byl jako bratr bavorského vévody Karla Alberta spojencem pruského krále Bedřich II., řádové statky, ležící na území pod vládou Habsburků, zachovávaly ve všech tehdejších válkách neutralitu. V letech 1747 až 1750 byl zřízen z prostředků řádu kostelík na Uhlířském vrchu u Bruntálu, přestavěný v letech 1755–1758 krnovským architektem J. B. Gansem, který se stal vyhledávaným poutním místem.
Velmistr Karel Alexander Lotrinský, bratr císaře Františka Štěpána Lotrinského (1712–1780, velmistrem od roku 1761), jenž před tím proslul jako neúspěšný vojevůdce ve válkách s Prusy, projevil pro potřeby severomoravských a slezských statků řádu více pochopení. Po skončení válek roku 1763 zahájil hospodářskou obnovu panství a došlo přitom i na zchátralý zámek v Bruntále. Byl důkladně přestavěn v letech 1766 - 1778 podle plánů Františka Alexandra Neumanna, syna bruntálského důchodního. Od sedmdesátých let 18. století začala být využívána lázeňskými hosty kyselka z pramenů u Hinnewiederu, kde pak v první polovině osmdesátých let 18. století řád vybudoval lázně Karlova Studánka.
Od roku 1780 byla hodnost řádového velmistra trvale v rukou některého z příslušníků vládnoucího rodu habsbursko-lotrinského. Jako první to byl nejmladší syn císařovny Marie Terezie Maxmilián František (1756–1801), v mnohém podobný svému bratru Josefu II. Řádová panství se za jeho éry dále rozvíjela a Bruntál se stal proslulým kulturním centrem zejména díky amatérskému divadlu, které tam působilo od roku 1795 a od roku 1798 hrálo přímo v zámku. Roku 1801 vznikla v zámku knihovna. Velmistrem se toho roku stal arcivévoda Karel, proslulý vojevůdce, vítěz nad Napoleonem u Aspern roku 1809 (hodnosti velmistra se vzdal roku 1804). Příslušníci rytířské složky řádu se v řadě případů zúčastnili válek s revoluční Francií a Napoleonem.
